经历了一开始的等待后，猎鹰弗恩·芬威克（威尔·阿奈特）成为了人们的英雄，因为他抓住了史莱德（布莱恩·泰），而真正的英雄四个神龟却无人知晓，他们不免有些失望。爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯）从巴格斯特苍蝇博士（泰勒·派瑞）那得知他们准备劫持押送史莱德的狱车救出史莱德，神龟们出动阻止这一切，然而没想到的是博士用心灵移动设备将史莱德移动到另一个世界，在那里外星人朗格（布拉德·加内特）告诉他，是自己把传送装置送到了地球，其目的是打开时空之门，他好将科技堡垒送到地球以统治人类，然而这个装置被分成了三份，一份就是现在传送史莱德的，还有两个分别在不同地方，他需要史莱德帮他找到。
我们回来了——忍者神龟2：破影而出
回到地球的史莱德用朗格给他的生化治剂将刚刚收下的两个逃犯比博（加里·安东尼·威廉）和罗斯泰迪（史蒂芬·法雷利）变成了野猪和犀牛，就在这时爱普尔出现拿走了剩下的药剂，而因为丢失上面这些罪犯刚被警队停职的凯西·琼斯碰上而救下了在被追赶的爱普尔，因此也认识了神龟。接下来史莱德带着犀牛和野猪来到自然历史博物馆拿到了第二件传送设备，下一步他们将前往巴西拿剩下的第三件。而就在这时多纳泰罗（杰瑞米·霍华德）发现了药剂可以帮助他们变成人类，他将这一切告诉了莱昂纳多（皮特·普劳泽克），而莱昂纳多要多纳泰罗保密。米开朗基罗（诺尔·费舍）知道后告诉拉斐尔（阿伦·瑞奇森），从此兄弟不合，拉斐尔拉上米开朗基罗和爱普尔、琼斯在弗恩的帮助下去警察局偷剩下的药剂，而多纳泰罗他们则去博物馆，最后药剂拿到，而为了救人类，神龟们被行动组组长文森特（劳拉·琳妮）发现，为了救海龟爱普尔、琼斯被抓。拉斐尔埋怨莱昂纳多为了当老大而不想其他人变为人类，大家决定先去巴西找史莱德，可犀牛他们拿到第三件设备后已经回到美国，四兄弟决定跳机到另一架飞机上劫住他们，没想到的是最后还是失败了，此时老师斯普林特（托尼·夏尔赫布）告诉莱昂纳多宽容与团结很重要。
我们回来了——忍者神龟2：破影而出
在警局的爱普尔联系上猎鹰让他将实验室的原始摄像拿到后告诉文森特，真相大白后，神龟出现大家决定合作阻止史莱德，时空之门打开，科技堡垒正在传送并组装，大家决定先去拿到灯塔然后将其送回太空并且让爱普尔等帮助关闭时空之门。朗格冰封史莱德后不敌神龟，灯塔到手堡垒被送回外太空，而另一边琼斯抓住了犀牛和野猪，爱普尔关掉了时空之门。文森特代表政府将城市钥匙交给了海龟并且邀请他们来地面生活，可忍者就是要不寻常，他们拒绝了并且也不想变成人类，最后拉斐尔毁掉了制剂，城市恢复了平静。
我们回来了——忍者神龟2：破影而出
电影虽是老套路，创新有限，但基本剧情回到了忍者神龟上，特别是犀牛、野猪和朗格的出现更是让人眼前一亮，这真的很爽，前者的有力无脑，后者的滑稽可笑都是那么的熟悉。凯西·琼斯的加入更是让人看到的希望，特别是剧中开始人们害怕神龟，米开朗琪罗那种想融入人群的渴望是多么的可爱又让人同情，而拉斐尔那种霸气和敢于挑战莱昂纳多的鹰派思想又是那样的人性，最后四兄弟的团结一致又是多么可怕，融入人群重要，可更重要的是捍卫自己荣誉和保卫城市的责任，他们需要的是孤独和修炼。也许我们的未来就在此处也说不定。