在女娲娘娘和阐教众仙的帮助下，施行仁政的周武王打败了商，纣王在宫中自焚而亡。阐教仙人抓住了本来是女娲娘娘派去迷惑纣王，却反助纣为虐的轩辕坟三妖并斩杀了他们。因此，和阐教本已积怨极深的群魔愤怒无比。不甘失败的通天教主联合了妖王宵魅，和阐教在会仙山进行了最后的决战。
决战之时，众仙引动的阴阳之气破坏了阴阳平衡，天地陡然变色水困泽枯，大地魑魅横行，而大量隐伏于人间的上古邪兽也突然窜出。女娲不忍世间灭世之劫再开，亲自加入了战团，并且以她改变造化的神力独震群魔。在此时，阐教的玉虚三清合力击杀了妖王宵魅，致使会仙山战局突变，阐教众仙整顿精神杀得截教万仙死伤无数。截教败局已定。
通天教主眼看自己的知己被杀，门人弟子遭到屠戮，和原始天尊酣战的他无名之火高万丈，一怒之下竟然自散万劫不坏金身拼出自己最终的招式：诛仙！
元始天尊没有防备到这一绝招，虽然有杏黄旗和万寿紫金衣护体，依然被伤及了元神。通天趁机，再补一招，可怜元始天尊的亿万年修行一朝散尽。可是阴阳本来已经失衡，元始天尊眼见自己快不行了，知道自己的元神散出会使得万劫积累的至刚至纯的阳气冲出，整个世界都有在这股气中膨胀粉碎！他急忙升上空中，急速凝聚元功。霎时之间，竟现天崩地裂之象。元始天尊头上生出异彩，异彩渐渐离体，而那异彩笼罩之物便是他的元神。可惜元始天尊运气在最后关头，他衰弱不堪的身体再也承受不住了。他强打起自己最后的精神力想把元神送到自己的老师鸿钧道人那里。
通天教主怒气过后，不但自己万劫金身被破，还亲手杀死了自己的师兄，无边的后悔涌上心头。正是一步错步步错，只见他沉喝一声，也飞上天际。内心悔恨又惨然的他凄然一笑，自言自语道：“我和师兄同修亿载，不了已经超凡入圣的我居然会浅薄到为一己之气胡做妄为而置天下苍生不顾，天意绝我！天意绝我！不若了此残躯，以谢天下！”
通天教主在鸿钧的三个弟子里是最冲动又不计后果的，他才出道便和妖王宵魅、昊天成为莫逆之交，而且他收徒弟全凭一时之意，所以门人弟子里不乏飞禽走兽旁门左道。如今酿成大错的他，竟然又不顾当下一心寻死。通天也运起元神，天地再现万道霞光。原始天尊临死也不愿散去元神造成生灵涂炭，而通天却只是一时冲动就自散元神。可怜两位教主成圣至今也在劫难逃，两人昔日的恩怨情仇今朝也尽随他们的离去而消失了．．．．．．
闲话不表，二圣元神出窍，一时圣光令群仙不能正眼相看，都是又惊又怕。通天教主的阴元魔威四放，元始天尊阳元也是光迷金乌。就是这时候，最可怕的情况出现了，不受控制的阴气竟然主动挑动欲散还凝的阳气。要是两股无量之气开始全面抗争和克制，世界必定顿灭，重回混沌！两道金光包裹的元气开始了由慢到快的吸引，每进一步，都离末日更进一步，在双元彼此相交时，正是灭世之劫再开之时。