我国现行的事业单位会计准则和制度自颁布实施至今，对规范事业单位会计行为，加强事业单位财务管理起着巨大的作用。但随着社会市场经济的发展，经济体制改革不断深化，事业单位与市场的关系越来越密切，资金来源出现了多元化，资金运用出现了多方位，适用的会计环境也随之发生了变化，使得运行的事业单位会计准则和制度愈来愈显示出不足及局限性，需要不断加以改进，具体表现在如下几个方面：
一、改变会计核算基础，实行统一的权责发生制
现行的《事业单位会计准则》规定：“会计核算一般采用收付实现制，但经营性收支业务核算可采用权责发生制。”在收付实现制下，事业单位以现金实际收付作为收入和支出的依据，支出只包括以现金实际支付的部分，并不能反映那些当期已发生但尚未支付的债务，这部分债务成为“隐性债务”，不利于防范事业单位的财务风险。同时，事业单位经常在一个会计年度内出现收支项目不配比情况，如固定资产的大修理费并非每年都会发生，而固定资产的使用损耗是逐年发生的。在对固定资产进行大修理的年度，根据收付实现制将修理费直接计入支出，造成当年支出增大，结余减少。况且，实际工作中经营性业务和非经营性业务经常不易明确区分，这使得费用难以合理分摊，造成事业单位不能进行正确的成本和费用核算，这不仅不利于事业单位内部管理，不利于财政资金的有效使用，而且很容易使一部分国有资产价值得不到应有的补偿，转化为经营性业务的利润或个人收入，造成国有资产的流失。由此，需要对事业单位采用统一的权责发生制，接近于《民间非营利组织会计制度》和《企业会计制度》的规定，符合管理理念国际化和和会计制度统一化的发展趋势。
二、改变固定资产核算方法，真实反映固定资产价值
事业单位以固定资产和固定基金同时反映固定资产价值，且固定资产的账面数额与固定基金账面数额一致。但是，当购入旧固定资产时，固定资产科目反映其原值，而固定基金科目反映其净值；融资租入固定资产时，固定资产科目反映其原值，而固定基金科目随着已付款额增加而增加；这都使得固定资产账面余额不等于固定基金数额，致使固定基金科目的设置失去了意义。同时，事业单位不按照固定资产原值和使用年限计提固定资产折旧，由于不反映固定资产的减值，没有反映其资产净值，也就虚增了资产总量；事业单位对固定资产不计提折旧，开展业务活动的成本不包括折旧费，使得成本核算不完整，虚减了事业单位的成本支出。由此，对事业单位固定资产核算方式的改进可以借鉴现行企业会计制度的规定，取消“固定基金”科目，设置“累计折旧”科目；对固定资产计提折旧，并列入资产负债表中，作为固定资产原值的减项，充分体现固定资产净值。购置固定资产时，可直按借记“固定资产”科目，贷记“银行存款”等资产类科目；计提固定资产折旧时，借记“事业支出—折旧费”科目，贷记“累计折旧”科目。当事业单位购置需要安装的固定资产或者建造工程类固定资产时，建议增加“在建工程”科目，先在“在建工程”中归集相应的成本和支出，待安装完毕或工程达到预计可使用状态时，再从“在建工程”转入“固定资产”账户。
三、修购基金提取不合理，取消修购基金的计提
现行事业单位会计制度规定，按照收入的比例提取修购基金时，借记“事业支出”，贷记“专用基金—修购基金”。目的是用于固定资产的维修和购置，但其提取的基数是收入而不是定资产余额，这样有的单位收入多，提取的修购基金就多，有的单位收入少，提取的修购基金就少，提取目的与提取基数两者之间缺乏必然联系，而单位实际发生固定资产的维修和购置费用与单位资产的状况有着密切的关系。同时，单位定期进行定资产大修理、设备购置的经费也应在年度单位预算中根据需要安排，在费用实际发生时直接列入支出。至于对修购基金提取后什么时候用、用多少会计制度中并没有作出明确规定，助长了修购费用使用的盲目性、随意性和浪费行为。另外，从积累基金角度看，提取修购基金实际上是对年终积累进行分割，是在结转事业结余之前按指定其用途先分割列支一块出来，而事业基金本身就有调节年度预算收支平衡的作用，修购费用完全可以在年初预算安排出现缺门时动用事业基金进行弥补，没有必要计提并单列修购基金。