陆地植被遭到严重破坏，本来郁郁葱葱的大地突然变成风沙、尘暴，树木枯死。洪灾、旱灾在世界各地时有发生，使得人民流离失所，惨不忍睹。月球上有一颗神奇的种子实在看不下去了，就来到地球。种子到处流浪，去到哪里，都被地球的人们嘲笑，地球人把种子扔到尘土飞扬，污水横流的地方，不仅如此，还用石头压在种子身上，种子觉得非常沉重、自卑。
蚯蚓从地底把巨石旁的空地钻了一个洞，把种子推了出去，蚯蚓再帮它找朋友，蚯蚓带着种子去见自己的朋友小精灵，种子把自己在地球上的遭遇跟小精灵讲了，小精灵非常同情神奇种子并和他成了形影不离、日夜相伴的好朋友。种子慢慢变得自信了。可是好景不长，种子不幸再次被丢到废墟里，那儿树木枯萎，空气散发着很臭很臭的气味，土地干裂，河水有很浓的剧毒，但种子想到自己来地球的使命，便顽强地生根、发芽。
过了不久，种子变成神奇的植物，叶子比大象的耳朵一般大，叶子中间长着像人的眼睛一样的东西，熠熠生辉，它的叶子散发出一种香气。树皮上有一些粘粘的液汁。神奇树日长过米，很快便成参天大树。他全身发光。他身上的每一部分都可以脱离身体去干自己该做的事。之后神奇树又自动复原。人们发现了这棵神奇树后，孩子们高兴极了，整天围着他又叫又跳；大人见了很好奇，议论纷纷，并请来植物专家“会诊”，但科学家也没见过这般神奇的树；一些老人认为那是神的化身，提着祭品去参拜。
神奇树发誓一定要保护环境，半夜里他把被污染的空气净化成新鲜的空气，它把自己的液汁滴进河里，河水变清了，它能帮助花、草、树生长。
渐渐地，人们发现一切都都变了，空气清新，呼吸起来舒坦极了。天空总是蓝蓝的，空气中再也见不到尘埃。本来枯萎的小草、树木变得生机勃勃，春意盎然。人们疾病减少了。环境学家大惑不解。