饥肠辘辘的小鱼儿在海里寻找食物，在一处珊瑚丛中，隐隐地散发出紫红色的光，定眼一看，原来是一颗小海藻，不管三七二十一，小鱼儿一口吞下了这颗小海藻，没想到，这颗海藻被施了魔法，结果神奇的事情发生了。
一阵耀眼的白光闪过，小鱼儿来到了不知名的地方。海，依旧是海；天，依旧是天；只不过海，变得污黑；天，变得灰厚。
小鱼儿惊呆了，这还是它曾经生活过的海洋吗？在小鱼儿的记忆中，水是清澈的，天，是碧蓝的，水中有丰富的水草，空中有成群的飞鸟。
一阵窒息感传遍了小鱼儿的全身，小鱼儿急忙上浮，可在海面上的小鱼儿依旧觉得窒息，因为惊吓，海面上漂浮着成千上万条鱼的尸体，不为什么，只须看看这污黑的海面就知道为什么了！
小鱼儿经历了此景，立志要将污染治理，可受过教育的小鱼儿不会去蛮干，它懂得“鱼多力量大”的道理。于是，小鱼儿找到了许多志同道合的好友，有足智多谋的海星，身强力壮的鲸鱼、章鱼，会说人话的金鱼和行动敏捷的鲨鱼。
它们开始为理想而奋斗了，它们将成吨的垃圾运上海岸，想使人类知道他们丢弃的数量之大。可这工作太累了，不仅要搬运沉重的垃圾，还要时刻警惕人类的渔船。做事不会总是万无一失，人类的捕鲸船发现了正在运送垃圾的鲸鱼，人们竟直接向鲸鱼开炮了，锋利的鱼叉深深刺入了鲸鱼的体内，它死了，被贪婪的人类无情捕杀了。
小鱼儿十分悲伤，认为是自己害死了鲸鱼。于是聪明的海星便想出了一个极佳的办法，能使自己的理想实现。
金鱼的主人是一位具有环保意识的企业家，他喜欢海洋，喜欢蓝色。在海星和金鱼的建议下，他组织了一个环保组织，有许多人都加入其中。人们购买了设备，说服了政府，开始努力清洁自家家园的一部分。
在人类的帮助下，小鱼儿成功地将这片海域净化干净了，但仍有许多地方需要它们。
在码头边，清洁队的船只和鱼儿们高声呼喊着口号“为了蓝色的海洋”，在呼喊声中，船只驶离了港口，驶向了清洁的海洋。