农村财务管理先后经过了村账站管、村财双代管等多种管理模式，尤其是乡镇综合配套改革，历经乡镇合并、合村并组各地相继成立了乡镇农村财务结（核）算中心，受托对村级财务进行代理记账，自运行以来在规范农村财务管理，理顺财务关系，确保农村社会稳定等方面发挥了极为重要的作用，毋庸质疑这些管理模式是当前农村财务管理中行之有效的重大举措；但是在其运作的过程中也暴露出了一系列的问题，需要进一步巩固和完善。
农村财务管理存在的主要问题
农村财务管理存在的主要问题
一、管理体制问题
1、村财双代管是立足于《宪法》、《村民委员会组织法》和“三不变”的基础之上进行的，农村经营管理机构对村级财经业务和财经委员的管理是管事不管人，村干部的考核主要以乡镇政府的相关部门为主，经营管理部门对村级财经委员失去考核的约束。
2、现行的农村财务管理机构即农村经营管理站和农村财务核算中心实行的是“一套班子两块牌子”，内控机制不健全极易形成既是裁判员又是运动员的监督局面。
3、现行村级财务监督机构民主理财小组的产生机制和人员的组成仍然存在不合法的现象，多数为村级负责人指定，农村经营管理站对村级民主理财小组的指导存在盲区，没有真正的让民主理财小组发挥其财务管理和监督的职能。
4、县、镇、村三级的资金划拨机制，专项资金的管理不尽人意。财政所没有完全成为上级资金拨入和镇级资金划出的唯一漏斗。农业及扶贫各部门的项目资金由于实行的是先报账后拨款的办法造成了村级对农业部门和财务核算中心报两套不一样的账，加之现行操作中核算中心代理记账以村级在农口部门报账的复印件为准，真正的资金使用状况只有经办人知道，极易埋下财务隐患。另外各地的移民资金实行村账站管后，只面向移民站报账，村只设出纳，由于条块分裂，无法反映村级资金收支全貌。
二、管理制度问题
1、财务管理制度不健全，需完善。各级政府或相关职能部门相应出台了多个方面的财务管理制度，起到了控源头，抓过程，促发展的作用，形成了管理和服务并重的财务管理新格局，实现了农村财务管理制度和管理模式的统一；但随着经济社会发展和相关新政策的出台与其相应的管理制度迫切需要修订、完善和重新制定。诸如：村级债权债务管理办法、村级资产资源管理办法，村级预算决算管理制度等需要重新制定以适应新形势，以便于工作有章可循，行之有效。
2、执行制度不到位。这主要体现在三个方面两种人四种表象上。一是制度管理流于形式、二是蜻蜓点水式行事、三是越俎代庖式操作。有的是不懂财务管理摸脑壳行事，毫无章法，有的是对财务管理制度不了解，糊涂官管糊涂百姓；有的是对财务管理制度太熟悉了，对财务收支审批权限，工作流程等内部控制约束机制避重就轻，有的是超越权限，明知不可为而为之。现实工作中村级的一些重大支出事项和对集体资产资源的处置方面产生的不稳定问题集中表现为制度规定要以村民大会或村民代表大会讨论通过的而以村两委班子会通过或村委扩大会议通过，如果说没有相关制度规定的事项则以相关领导拍板定夺。
三、监督机制问题
1、体现在村内财务内控监督制失衡。尤其是对处于村级财务管理金字塔顶的一把手的监督失去有效的控制。一但失去对一把手的有效监督，村级运转将失控。目前村级财务审计工作中暴露出的部分村主要负责人的经济问题和部分村连干部分配都无法落实的现象即是因此而造成。
2、农村财务核算中心内部代理记账中的监督机制不严谨，还没有形成成熟的代理记账业务操作规范，对代理记账主要采取的是因地制宜、因事制宜，因时制宜的办法，代理记账人员的主观意识决定代理记账的优劣。